Docking Molekular Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan bantuan PyRx-vina - Agustina, Rinna; Santoso, Broto (Prosiding University Research Colloquium, 2018)
Tuberkulosis disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan angka kejadian di negara berkembang dan berpenghasilan rendah mencapai 95 % dan di Indonesia, didapati 60% dari total prevalensi dengan laju 1 juta kasus tiap tahunnya. Potensi antituberkulosis pada senyawa alam dari adas bintang dan patikan kebo telah dilaporkan efektif. Penambatan senyawa dilakukakan terhadap sintase 1-deoksi-Dksilulosa- 5-fosfat (2Y1D,3ZHZ) yang merupakan protein yang memiliki ikatan target dengan M. tuberkulosis. Pemisahan protein dan ligan menggunakan Chimera-OpenBabel. Besaran interaksi liganprotein berdasarkan nilai binding affinity yang diperoleh dari PyRx Vina-AutoDock. Interaksi protein-ligan divisualisasi dengan PLIP (Protein-Ligan Interaction Profiler) dan PyMOL. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi anti-tuberkulosis berdasarkan jenis ikatan yang timbul dari interaksi terbaik ligan-protein dan nilai binding affinity. Hasil docking menunjukkan ligan native 2YID dan 3ZHZ memiliki binding affinity sebesar -7,5 dan -11 kkal/mol. Hasil ini menunjukkan bahwa senyawa terbaik patikan kebo dan adas bintang memiliki nilai yang lebih rendah untuk kedua protein secara berurutan adalah -5,1; -7,4; -4,1; dan -7,1 kkal/mol. Lisin, serin, treonin, glisin, dlutamin, dan asparagin merupakan residu asam amino yang menyebabkan interaksi hidrogen antara ligan-protein. Hal ini memperlihatkan bahwa ligan patikan kebo dan adas bintang diprediksi kurang berpotensi sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5- fosfat .