Kajian in silico Senyawa yang terkandung dalam Jeruk Pahit dan Adas Bintang terhadap Ribosa-5-Fosfat Isomerase B Mycobacterium tuberculosis (2VVO, 2VVP)menggunakan PyRx Vina-Autodock - Ramadhan, Ghiyats; Santoso, Broto (Prosiding University Research Colloquium, 2018)
Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab penyakit tuberkulosis yang sampai sekarang masih menjadi permasalahan penyakit utama di Indonesia dengan potensi tuberculosis multi-drug resistant (TB MDR) yang meningkat. Kajian in silico dilakukan terhadap target tuberkulosis jalur ribose-5-phospaye isomerase B denganvarian protein 2VVO dan 2VVP. Senyawa aktif yang dipakai pada kajian in silico ini adalah dari turunan jeruk pahit (Citrus aurantium). Protein dipisahkan dari residu dan diambil unique-ligand dari protein tersebut menggunakan Chimera. Perolehan binding affinity sebagai kuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukan dengan PyRx metode Vina Autodock. Visualisasi interaksi liganprotein dihasilkan dengan Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) dan PyMol. Hasil docking menunjukkan bahwa 4 ligand native 1 dan 2 (2VVO & 2VVP) memiliki nilai binding affinity sebesar -5,1 sampai - 5,9 kkal/mol. Dua senyawaterbaik adas bintang yakni asam salisilat memiliki binding affinity -4,7 kkal/mol yang tidak lebih baik dibandingkan ligand native, sementara lainnya yaitu heriguard memiliki nilai binding affinity -5,6 kkal/mol, hal ini lebih baik dari dua ligand native dan tidak lebih baik dari dua ligand native lainnya, adas bintang memiliki kesamaan interaksi residu dengan ligand native berupa HIS 12, GLY 70, GLY 72, SER 71, ASN 73, GLU 75, dan ARG 113. Sementara, untuk senyawa terbaik jeruk pahit (hesperidin dan limonin) memiliki binding affinity lebih baik dari semua ligand native dengan nilai masing-masing -6,9 kkal/mol dan -7 kkal/mol dengan kesamaan interaksi residu HIS 12, GLY 70, SER 71, GLY 72, GLY 74, GLU 75, ARG 113. Nilai binding affinity yang paling kecil (dalam hal ini jeruk pahit) menunjukkan bahwasanya energi dari senyawa aktif untuk mengikat protein lebih kecil sehingga diharapkan dapat lebih efektif sebagai anti tuberkulosis. Mycobacterium tuberculosis is a tuberculosis-causing bacteria that is still a major disease problem in Indonesia with the potential for increased multi-drug resistant tuberculosis (MDR TB). The silico study was conducted on the target of ribose-5-phospaye isomerase B pathogen tuberculosis with variant of 2VVO and 2VVP proteins. The active compounds used in this silico study are from bitter orange derivatives (Citrus aurantium). The protein is separated from the residue and taken unique-ligand from the protein using Chimera. The acquisition of affinity bindings as quantification of interactions between protein-ligand is done with PyRx method of Vina Autodock. Visualization of ligand-protein interactions is generated with Protein- Ligand Interaction Profiler (PLIP) and PyMol. The docking results