Virtual Docking Kandungan Senyawa Daun Sangketan (Achyranthes aspera) dan Adas Bintang (Anisi Stellati Fructus) terhadap Protein dihydrofolate reductase Memanfaatkan PyRx-vina - Rahman, Aulia; Santoso, Broto (Prosiding University Research Colloquium, 2018)
Pengembangan obat baru dengan initial docking senyawa alam dari tanaman yang memiliki potensi sebagai obat untuk TB menjadi salah satu alternatif yang dapat dilakukan untuk mencegah masalah MDRTB. Analisis docking telah dilakukan berdasarkan perolehan binding affinity dan hasil interaksi ligand-protein menggunakan PyRx-vina, PLIP dan PyMOL. Skor binding affinity terbaik dari senyawa adas bintang dan daun sangketan secara berurutan adalah -6,5 kkal/mol (mol000561) dan -6,6 kkal/mol (mol000511). Hasil ini lebih baik apabila dibandingkan dengan yang diperoleh oleh ligand native, yaitu -4,3 kkal/mol. Nilai binding affinity yang lebih kecil ini, menunjukan bahwa senyawa target dari adas bintang dan daun sangketan lebih mudah berikatan pada protein target TBC 4KL9 karena energi yang dibutuhkan untuk berikatan lebih kecil. Energi yang lebih kecil ini memungkinkan senyawa target digunakan untuk menargetkan protein target TBC 4KL9.Hasil visualisasi dengan PLIP menunjukan adanya kesamaan interaksi antara ligand native dan molekul target yaitu ikatan hidrofobik pada 8GLN dan 131LEU. Kesamaan interaksi ini menunjukan bahwa senyawa target dapat berinteraksi dengan protein target TB 4KL9 pada kedua asam amino tersebut. Semakin banyak interaksi yang terjadi menunjukan semakin poten pula senyawa target sebagai salah satu alternatif dalam pengobatan TB.