Pengaruh Residu Fleksibel terhadap Nilai Afinitas Ikatan Protein dengan Ligan Native-nya menggunakan PyRx-vina - Santoso, Broto (Prosiding University Research Colloquium, 2018)
Komputasi dockingsudah menjadi teknik alternatif yang membantu mempercepat proses penemuan obat baru dalam bidang Kimia Medisinal. Hasil kajian sebelumnya menyatakan bahwa penentuan volume gridbox dalam metode in silico menjadi kunci sukses pendekatan komputasi. Penelitian ini ditujukan untuk menilai pengaruh residu fleksibel protein terhadap nilai afinitas ikatan protein-ligan.Sejumlah 32 protein terpilih yang berasal dari Mycobacterium tuberculosistelah diunduh dari www.rcsb.org, dilakukan preparasi, docking molekular dan interaction profiling menggunakan software Chimera, PyRx-vina, PLIP dan PyMOL. Docking residu fleksibel telah berhasil dilakukan terhadap 97% protein karena terdapat satu protein yang tidak selesai proses komputasinya. Residu fleksibel berhasil memberikan peningkatan afinitas ikatan pada 44% protein target sedangkan 17 diantaranya belum menunjukkan adanya perbedaan dibandingkan nilai dasarnya. Hasil ini memperlihatkan bahwa selain penentuan volume gridbox, pemilihan dan pemanfaatan residu aktif menjadi fleksibel selama komputasi akan memperpendek jarak pembeda antara prediksi dan nilai sesungguhnya. Kajian berikutnya yang penting untuk dieksplorasi adalah seberapa besar pengaruh dan hubungan antara pemilihan residu fleksibel dengan deskriptor ligan native atau ligan target.