Profil in silico Interaksi Senyawa Alam ketumbar dan Adas Bintang sebagai Inhibitor Peptida Deformilase Mycobacterium tuberculosis (3SVJ dan 1WS1) menggunakan Bantuan PyRx-Vina - Prabowo, Sri Aulia Akbar Edy (Prosiding University Research Colloquium, 2018)
Pencarian profil interaksi molekular senyawa alam ketumbar dan adas bintang secara in silico telah dilakukan terhadap protein peptida deformilase bakteri TB (3SVJ; 1WS1). Tujuan dari penelitian adalah untuk menganalisis potensi tanaman herbal sebagai anti tuberculosis melalui docking molekuler. Langkah yang dikerjakan adalah preparasi ligan-protein, docking, visualisasi, dan analisis hasil. Afinitas ikatan antara adas bintang dengan 1ws1_protein (Heriguard), adas bintang dengan 3svj_protein (Heriguard), ketumbar dengan 1ws1_protein (alpha humulene) dan ketumbar dengan 3svj_protein (2-methylene cyclopenatonol) menghasilkan binding affinity dengan nilai berturutturut -7,9;-7,5;-6,4 dan -6,8 kkal/mol sedangkan ligan native pada 3SVJ dan 1WS1 binding affinitynya ditunjukkan dengan nilai -7,3 hingga -,8,7 kkal/mol. Mengacu pada nilai binding affinity tersebut, hanya Adas bintang yang berpotensi sebagai anti tuberkulosis karena nilai yang hampir sama dibandingkan dengan ligan native. Nilai binding affinity yang paling kecil menunjukkan bahwasanya energi dari senyawa aktif untuk mengikat protein lebih kecil sehingga diharapkan dapat lebih efektif sebagai anti tuberkulosis. Sedangkan ketumbar interaksinya mirip dengan native, sehingga bisa dijadikan sebagai ligan penuntun. Namun semuanya perlu diujikan kembali dengan berbagai kondisi komputasi virtual lainnya untuk memastikan dugaan pertama ini.